Betriebsprüfung der Forschungszulage: Innovation fördern, Risiken vermeiden 

Die steuerliche Forschungszulage hat sich seit ihrer Einführung 2020 von einem Nischeninstrument zu einem festen Bestandteil moderner Innovationsfinanzierung entwickelt. Tausende Unternehmen, vom Start-Up bis zum internationalen Konzern, haben seither von der Förderung profitiert. Mit wachsender Bedeutung steigt jedoch auch das Prüfungsrisiko: Die Betriebsprüfung der Forschungszulage rückt zunehmend in den Fokus der Finanzverwaltung.

Fünf Jahre nach Start des Förderinstruments beginnt nun die systematische Nachprüfung bereits erhaltener Fördermittel. Unternehmen, die bisher vor allem Antragstellung und Bewilligung im Blick hatten, stehen damit vor neuen Fragen: Wie prüft die Finanzverwaltung die Forschungszulage tatsächlich? Welche Unterlagen sind entscheidend? Und was passiert, wenn die Dokumentation nicht den Anforderungen entspricht? 

Antworten darauf liefert unser Leitfaden zur Betriebsprüfung der Forschungszulage den wir gemeinsam mit unserem Partner Dr. Klaus Dumser von WTS Deutschland entwickelt haben. Er bietet Finanzverantwortlichen Orientierung, bevor die Finanzverwaltung überhaupt anklopft. 

Betriebsprüfung: Vom Förderantrag zur Prüfungsrealität 

Die Forschungszulage ist ein steuerlicher Anspruch und damit Teil der Steuerfestsetzung. Das bedeutet: Sie unterliegt denselben Prüfungsmechanismen wie die Körperschaft- oder Einkommensteuer. Die Prüfer:innen prüfen nicht nur Zahlen, sondern auch Inhalte. Dabei stehen insbesondere folgende Punkte im Fokus: 

• ob Personalkosten sauber abgegrenzt wurden, 
• ob der Vorhabensbeginn nachvollziehbar dokumentiert ist, 
• und ob beihilferechtliche Vorgaben eingehalten wurden. 

In der Theorie klingt das überschaubar. In der Praxis zeigt sich jedoch: Schon kleine Unklarheiten in der Dokumentation können zu Nachfragen, Verzögerungen oder sogar zur Kürzung der Förderung führen. Die ersten Betriebsprüfungen haben gezeigt, dass inhaltliche Abweichungen die häufigsten Stolpersteine sind. Die BSFZ-Bescheinigung schützt also nicht automatisch vor steuerlichen Korrekturen. 

Unser Leitfaden fasst die Erfahrungen der vergangenen Jahre zusammen und zeigt, welche Aspekte in der Praxis tatsächlich geprüft werden und wie Sie Ihr Unternehmen darauf optimal vorbereiten. 

Fünf Jahre Forschungszulage – die Finanzverwaltung zieht Bilanz 

Dass die Finanzämter die Forschungszulage nun verstärkt prüfen, ist kein Zufall. Mit tausenden bewilligten Fällen, klareren Verwaltungsanweisungen und wachsender Routine der Prüfer:innen hat sich die Forschungszulage mittlerweile bewährt. In dieser neuen Prüfungsphase wird besonders streng auf folgende Punkte geachtet: 

• die Abgrenzung zwischen Routineentwicklung und Forschung, 
• die Nachvollziehbarkeit der Zeiterfassung, 
• die Konsistenz zwischen Antrag, Bescheinigung und Steuererklärung, 
• sowie die Dokumentation des Vorhabensbeginns als Beleg des Anreizeffekts. 

Die aktuelle Entwicklung macht deutlich: Die Finanzverwaltung erkennt Abweichungen oder Unstimmigkeiten schnell und wird diese gezielt hinterfragen. Für Verantwortliche wie CFOs, Tax Manager oder Geschäftsführer bedeutet dies, dass die Betriebsprüfung der Forschungszulage keineswegs als Nebensache betrachtet werden sollte, sondern ein zentraler Bestandteil des Risikomanagements ist. Wer sich frühzeitig und sorgfältig vorbereitet, minimiert das Risiko nachträglicher Korrekturen. 

Mehr Förderung, mehr Prüfungsdruck: Investitionssofortprogramm 2026 

Das Investitionssofortprogramm 2026 erhöht die Attraktivität der Forschungszulage erheblich. Die neuen Bestimmungen treten am 1. Januar 2026 in Kraft und führen zu einer spürbaren Erweiterung des Fördervolumens. Die wichtigsten Änderungen im Überblick: 

• Höhere Bemessungsgrundlage: Die Bemessungsgrundlage steigt von bisher 10 Mio. € auf 12 Mio. € pro Jahr, was eine Förderung von bis zu 3 Mio. € jährlich (bzw. 4,2 Mio. € für KMU) ermöglicht. 
• Neue Gemeinkostenpauschale: 20 % pauschal auf Personalkosten, eine große Erleichterung, aber auch ein neuer Prüfpunkt. 
• Höherer Unternehmerlohn: Der maximale Satz steigt von 70 € auf 100 € pro Stunde.

Durch diese Reform wird das Förderinstrument zwar attraktiver gestaltet, gleichzeitig nimmt jedoch auch die Überwachung durch die Finanzbehörden zu. 

Betriebsprüfung? Was Unternehmen jetzt tun sollten 

Unsere Erfahrung aus den ersten erfolgreichen Prüfungen unserer Mandant:innen zeigt: Der entscheidende Unterschied liegt in der Vorbereitung. Unternehmen, die Dokumentation und Prozesse frühzeitig strukturiert haben, gehen deutlich entspannter durch die Prüfung und gewinnen langfristig an Rechtssicherheit. Worauf es ankommt: 

• Transparente und konsistente Dokumentation, die technische und steuerliche Aspekte verbindet. 
• Nachvollziehbare Zeiterfassung, idealerweise digital und projektbezogen. 
• Klare Zuständigkeiten zwischen Steuerabteilung, F&E und Controlling. 
• Verständliche Kommunikation gegenüber der Finanzverwaltung. 

Ein strategischer Ansatz, der diese Punkte integriert, spart Zeit, reduziert Unsicherheiten und signalisiert Professionalität: ein entscheidender Vorteil bei jeder Betriebsprüfung. 

Ihr Leitfaden für prüfungssichere Forschungsförderung 

Unser Leitfaden zur Betriebsprüfung der Forschungszulage bündelt unsere Erkenntnisse aus fünf Jahren Beratungspraxis und den ersten realen Prüfungsfällen. Er richtet sich an Unternehmen, die ihre Förderung strategisch absichern und Prozesse nachhaltig strukturieren wollen. 

Verfasst wurde der Leitfaden von Dr. Markus Busuttil, einem der führenden Experten für steuerliche Forschungsförderung, in enger Zusammenarbeit mit Dr. Klaus Dumser, Partner im Bereich Corporate Tax / International Tax bei WTS Deutschland. Dr. Markus Busuttil verbindet technisches Fachwissen aus seiner Promotion im Maschinenbau mit langjähriger Erfahrung in der Beratung forschungsaktiver Unternehmen und versteht es, komplexe technische Inhalte in praxisgerechte Förderanträge zu übersetzen. Dr. Klaus Dumser bringt umfassende Expertise in der Rechts- und Steuerberatung national und international tätiger Unternehmen mit, insbesondere in Re- und Umstrukturierungen, Tax Due Diligence, Vertragsgestaltung, Betriebsprüfungen und steuerlichen Rechtsbehelfsverfahren. 

Gemeinsam vereinen sie tiefgehende analytische Kompetenz, fundierte Praxiserfahrung und ein klares Verständnis für die Anforderungen der Finanzverwaltung. Durch die enge Zusammenarbeit mit WTS Deutschland stellt der Leitfaden sicher, dass Sie als Unternehmen eine ganzheitliche, rechtlich fundierte und praxisnah umsetzbare Orientierung erhalten, vom Antrag bis über die Prüfungsphase hinaus. 

Unser Leitfaden zeigt praxisnah, 

• wie die Finanzverwaltung prüft, 

• welche Dokumente wirklich entscheidend sind, 

• und wie Sie Ihr Unternehmen effizient prüfungsfest aufstellen. 

Er ist kompakt, fundiert und direkt anwendbar für alle, die Verantwortung für Steuer- und Finanzprozesse tragen. 

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Fazit: Struktur schafft Sicherheit 

Fünf Jahre nach Einführung der Forschungszulage hat sich das Förderinstrument etabliert. Die Aufbauphase ist vorbei, die Erfahrungen häufen sich und mit ihnen die ersten Betriebsprüfungen. Doch das muss nicht unbedingt ein Grund zur Sorge sein, sondern ist lediglich ein Zeichen für die Reife dieses Förderinstruments. Die Betriebsprüfung zeigt, dass die Forschungszulage in der Praxis angekommen ist. Sie ist kein Risiko, sondern eine Routineprüfung, die Unternehmen mit einer klaren Strategie souverän meistern können. Entscheidend ist, dass die richtigen Strukturen vorhanden sind: verlässliche Dokumentation, abgestimmte Verantwortlichkeiten und gelebte Compliance. 

Gerade jetzt, mit den erweiterten Möglichkeiten durch das Investitionssofortprogramm ab 2026, lohnt es sich, diese Strukturen zu stärken. Denn wo Förderung wächst, wächst auch Verantwortung und die lässt sich planen. Unternehmen, die frühzeitig und systematisch reagieren, profitieren gleich mehrfach: Sie sichern Fördermittel langfristig, schaffen Transparenz und Vertrauen innerhalb der Organisation und gegenüber Behörden und Prüfern. Klare Strukturen bieten Orientierung in einem komplexen Förderumfeld und verwandeln die Forschungszulage in das, was sie sein soll: ein starker Motor für Innovation und kein bürokratisches Risiko. 

Mehr über das Investitionssofortprogramm und die damit einhergehenden Änderungen ab 2026 lesen sie hier.