Betriebsprüfung im Rahmen der Forschungszulage: Sicher durch den Audit-Prozess
Eine Betriebsprüfung kann verunsichern – muss sie aber nicht. Wer Förderanträge, Projektdokumentation und Nachweise von Anfang an sauber aufbereitet, ist auf der sicheren Seite. Eine strukturierte Vorbereitung hilft dabei, häufige Risiken zu vermeiden und die Anforderungen im Rahmen der Forschungszulage sicher zu erfüllen– noch bevor es zum Prüfungsfall kommt.
Betriebsprüfung im Rahmen der Forschungszulage – Was Unternehmen jetzt wissen sollten
Immer mehr Unternehmen nutzen die steuerliche Forschungszulage – doch mit der Förderung rückt auch die Betriebsprüfung im Rahmen der Forschungszulage in den Fokus. Was genau geprüft wird, welche Unterlagen erforderlich sind und wie man Rückfragen des Finanzamts bereits vorab vermeidet, erfahren Sie hier.
Seit dem 1. Januar 2020 können Unternehmen in Deutschland Forschungs- und Entwicklungsprojekte steuerlich fördern lassen – möglich gemacht durch das Gesetz zur steuerlichen Förderung von Forschung und Entwicklung (FZulG). Dieses Gesetz ergänzt das Einkommensteuer- und Körperschaftssteuergesetz um eine gezielte Innovationsförderung für Unternehmen aller Größen und Branchen. Mit dem im Jahr 2024 verabschiedeten Wachstumschancengesetz wurde die Forschungszulage an mehreren Stellen weiterentwickelt und gestärkt. Die wichtigsten Anpassungen im Überblick:
1. Anhebung der förderfähigen Aufwendungen, insbesondere für Personalkosten
2. Klarere Anforderungen an die Nachweisführung und Dokumentation
3. Erweiterte Definitionen förderfähiger Projekte, z. B. Kooperationen, Digitalisierungsvorhaben
Diese Änderungen erhöhen nicht nur die Attraktivität der Forschungszulage, sondern auch die Relevanz einer sorgfältigen Vorbereitung auf Betriebsprüfungen.
Mehr als fünf Jahre Forschungszulage – und jetzt?
Nach über fünf Jahren und zahlreichen bewilligten Förderprojekten rückt die Forschungszulage nun zunehmend in den Fokus der steuerlichen Betriebsprüfung. Diese Prüfungen sind wichtig, um sicherzustellen, dass die Fördermittel korrekt beantragt und verwendet wurden.
Es ist also davon auszugehen, dass die Finanzverwaltung in nächster Zeit vermehrt Einblick in geförderte Projekte, verwendete Mittel und dokumentierte Tätigkeiten nehmen wird. Das schafft Unsicherheit auf zwei Seiten: Während viele Unternehmen nicht genau wissen, was Sie im Rahmen der Betriebsprüfung erwarten wird, fehlen den Finanzämtern noch langjährige Erfahrungswerte und standardisierte Prüfungskriterien.
Das kann schnell zu Konflikten führen – vor allem dann, wenn relevante Dokumente fehlen, Nachweise unvollständig sind oder die Förderwürdigkeit einzelner Projekte im Nachhinein nicht mehr klar erkennbar ist. Damit es gar nicht erst zu Unsicherheiten oder Rückfragen kommt, lohnt sich ein genauer Blick darauf, welche Aspekte bei der Beantragung der Forschungszulage unbedingt berücksichtigt werden sollten.
Was erwartet Sie in einer Betriebsprüfung?
Ein zentrales Prüfungsrisiko im Rahmen der Forschungszulage liegt in einer mangelhaften Dokumentation und Richtigkeit der Angaben. Unternehmen, die die Forschungszulage in Anspruch genommen haben, müssen eine umfassende und nachvollziehbare Dokumentation ihrer FuE-Projekte sicherstellen. Dazu zählen insbesondere Angaben zum Projektinhalt, dem zeitlichen Verlauf, den eingesetzten Ressourcen sowie den angefallenen Kosten. Ein zentrales Element ist dabei auch der Nachweis, dass die Tätigkeiten tatsächlich im Rahmen förderfähiger Forschung und Entwicklung stattgefunden haben. Als Beispiel gilt hier die systematische Arbeitszeiterfassung der beteiligten Mitarbeitenden, die idealerweise projektbezogen erfolgt.
Risiken bei unzureichender Dokumentation
Werden die gesetzlichen Dokumentationspflichten nicht eingehalten oder fehlen wesentliche Nachweise, kann dies erhebliche Folgen für das Unternehmen haben. Neben der Rückforderung bereits gewährter Zulagen und möglichen Zinszahlungen kann bei gravierenden Verstößen auch der Verdacht auf Subventionsbetrug entstehen, was strafrechtliche Konsequenzen nach sich ziehen kann. Damit es gar nicht erst zu Unsicherheiten oder Rückfragen kommt, lohnt sich also der frühzeitige Blick darauf, welche Aspekte bei der Beantragung und Dokumentation der Forschungszulage berücksichtigt werden sollten – denn eine lückenlose und prüfbare Dokumentation ist unerlässlich für eine rechtssichere Inanspruchnahme der Forschungszulage.
Struktur schafft Sicherheit
Als Expert:innen für Forschungsförderung unterstützen wir Unternehmen bei der Antragstellung und der strukturierten Dokumentation ihrer FuE-Projekte und achten dabei stets auf eine saubere, prüfungssichere Aufbereitung aller Nachweise. Unsere Erfahrung zeigt: Wer hier strukturiert und fundiert vorgeht, ist im Falle einer Betriebsprüfung gut vorbereitet. Für steuerlich komplexe Einzelfragen hinsichtlich der Betriebsprüfung– etwa zur konkreten Zuordnung bestimmter Kostenpositionen oder zur steuerlichen Behandlung einzelner Fördertatbestände – empfehlen wir ergänzend die Expertise spezialisierter Steuerkanzleien wie die der WTS Deutschland hinzuzuziehen. Hier stellen wir bei Bedarf gerne einen Kontakt her.
„Betriebsprüfungen können einschüchternd sein – gerade, wenn es um Fördermittel geht. Unser Beitrag ist es, Unternehmen mit unserer fachlichen Expertise im Rahmen der Forschungszulage und transparenter Dokumentation in eine Position zu bringen, in der sie etwaigen Prüfprozessen gelassen begegnen können.“
Dr. Markus Busuttil, CEO & Gründer
Rund um die Betriebsprüfung im Kontext der Forschungszulage erreichen uns immer wieder ähnliche Fragen von unseren Mandanten. Die wichtigsten Antworten haben wir hier kompakt für Sie zusammengestellt.
Wie läuft eine Betriebsprüfung im Rahmen der Forschungszulage ab?
Das Finanzamt prüft, ob alle Voraussetzungen korrekt erfüllt wurden – insbesondere die Projektinhalte, die BSFZ-Bescheinigung, die Kostenaufstellung und die Dokumentation. Dabei können sowohl digitale Unterlagen gefordert werden als auch Vor-Ort-Prüfungen stattfinden. Im Rahmen der Beantragung der Forschungszulage bereiten wir alle für den Antragsprozess notwendigen Unterlagen vollständig auf und stimmen uns dabei eng mit Ihnen ab, sodass Sie im Falle einer Betriebsprüfung bestens gewappnet sind. Unsere Arbeit legt damit das Fundament für einen reibungslosen Prüfungsprozess – die steuerliche Bewertung und Durchführung hingegen obliegen dabei den zuständigen Behörden bzw. steuerlichen Fachstellen.
Welche Unterlagen muss ich bereithalten?
Benötigt werden insbesondere die BSFZ-Bescheinigung, projektbezogene Zeitnachweise, Kostenaufstellungen, Tätigkeitsbeschreibungen, Projektberichte sowie alle Nachweise zur Abgrenzung und Förderfähigkeit der Forschungs- und Entwicklungstätigkeiten. Wir stellen bereits vor der Prüfung sicher, dass alle relevanten Unterlagen vollständig, strukturiert und jederzeit abrufbar sind – abgestimmt auf Ihre internen Abläufe.
Was passiert, wenn es Beanstandungen gibt?
Kommt das Finanzamt zu dem Schluss, dass Voraussetzungen nicht erfüllt oder Angaben nicht ausreichend belegt sind, kann es zu Kürzungen oder Rückforderungen kommen – inklusive Zinsforderungen. In schwerwiegenden Fällen kann sogar ein Anfangsverdacht auf Subventionsmissbrauch entstehen. Um solchen Risiken vorzubeugen, lohnt sich eine strukturierte und frühzeitige Aufbereitung der projektbezogenen Nachweise.
An wen kann ich mich bei Fragen wenden?
Für inhaltliche Fragen rund um das Thema Forschungsförderung– etwa zur Förderfähigkeit von Projekten, zur Antragstellung oder zur Dokumentation – stehen Ihnen die Expert:innen von Busuttil & Company jederzeit zur Verfügung.
Bei steuerlichen Fragestellungen, insbesondere im Zusammenhang mit der Betriebsprüfung oder der steuerlichen Behandlung geförderter Projekte, stellen wir gerne einen Kontakt zu unserem Partner, der WTS Deutschland, her. Als Full-Service-Anbieter für Steuerberatungsleistung kann sie Sie mit fundiertem Fachwissen umfassend beraten.